"השבת השחורה" הוא כינוי לשבת ב- 29 ביוני 1946. השלטון הבריטי פתח במבצע רחב היקף נגד היישוב היהודי , שכונה "מבצע אגאתה". במסגרת מבצע זה הוטל עוצר על ערים רבות, נערכו חיפושים מבית לבית, ונעצרו רבים ממנהיגי היישוב. מטרת המבצע היה לפגוע בכוחה של "תנועת המרי העברית", שערכה פעולות כנגד הבריטים – הבולטת שבהן הייתה "ליל הגשרים".
הבריטים תכננו את המבצע ביסודיות, אך פרטיו הודלפו לארגון "ההגנה". כך קיבלו רבים מראשי היישוב התראה מראש, והספיקו להסתתר לפני הגעתם של הבריטים. חלק מהנשק אף הועבר למקומות מסתור. מפקדת "ההגנה" פרסמה את פרטי התכנית בתחנת השידור שלה "קול ישראל" בתקווה, שהמבצע יבוטל בעקבות חשיפתו, אך למרות זאת הבריטים החליטו לבצע אותו.
חיילים בריטים נכנסו לבנייני הסוכנות היהודית בירושלים. הם עצרו את חברי ההנהלה: משה שרת, יצחק גרינבוים, דב יוסף, דוד רמז והרב יהודה לייב מימון, והעבירו אותם למחנה מעצר בלטרון. דוד בן גוריון שהה באותו זמן באירופה, ולכן לא נאסר. הבריטים החרימו מסמכים רבים מבניין הסוכנות, שהוכיחו את חלקה של הסוכנות היהודית בהנהגת "תנועת המרי העברית".
ביישובים רבים נערכו סריקות אחר מאגרי נשק ומסמכים סודיים. קיבוץ יגור ספג את עיקר הנזק בשל סריקה יסודית שנערכה בו, כנראה בעקבות מידע מוקדם שהיה לבריטים על הימצאות סליקים במקום. בקיבוץ מזרע החרימו מסמכים רבים של הפלמ"ח וביניהם כרטסת הפלמ"ח, שהייתה כתובה בצופן שהבריטים לא הצליחו לפענח.
במבצע השתתפו 17,000 חיילים בריטים, ונעצרו בו יותר מ- 2,700 יהודים, שהועברו לרפיח ולמחנות מעצר בעתלית ובלטרון.