הזוג קליגר התיישב בקיבוץ מגדל העמק, אך ב- 1936 עבר לתל אביב. קליגר החלה לעבוד במחלקת יחסי הציבור של ההסתדרות. האישה הפיקחית ודוברת השפות הרבות עוררה במהירה את תשומת ליבם של אליהו גולומב ושל ברל כצנלסון, ממנהיגי ההגנה, וכך החל פרק חדש בחייה – היא גויסה למוסד לעלייה ב' בפיקודו של שאול אביגור.
בין השנים 1939 ל- 1941 קליגר שיחקה תפקיד מפתח בפעילות המוסד לעלייה ב' בבלקן. רשמית היא הועסקה כנציגת קרן קימת לישראל באזור זה, אך בפועל הייתה ממונה על ארגון מפעלי ההעפלה באזור – איסוף כספים, רכישת אניות ואישורי כניסה לרומניה מפולין ועוד. בתקופה זו, מעבר לשליטתה בשפות רבות, באו לידי ביטוי גם כישוריה בתחום אמנות השכנוע והאלתור. דוגמה לכך ניתן למצוא בסיפורה של אנית המעפילים "טייגר היל", שהגיעה לארץ ישראל באחד בספטמבר 1939, יום פרוץ מלחמת העולם השניה. האניה זכורה בעיקר בשל מסעה מרובה התלאות עד להגעתה לארץ ישראל ובשל עובדת העלאתה על שרטון באופן יזום, לאחר שהבריטים לא אִפשרו לה לעגון בחיפה. האניה כמעט לא יצאה לדרך, מכיוון ששלטונות רומניה היו מצויים בעיצומו של משא ומתן עם הבריטים באותה עת. העניין נראה אבוד, אך ברגע האחרון הצליחה קליגר ליצור קשר עם המורה של מלך רומניה - בישוף שתירגם את התנ"ך לרומנית. היא הגיעה לביתו, והבישוף הנסער, שהעניין נגע ללִבו, לקח אותה מיד לראות את המלך, ותוך שעות יצאה האניה לדרכה. בסופו של דבר, הגיעו לארץ ישראל על סיפונה של ה"טייגר היל" 1,500 מעפילים.
רות קליגר על סיפון אחת מאניות המוסד לעלייה ב' תעודת הספן על שם רות קליגר. הוגדרה כ"אחות"
מבצע העפלה נוסף אותו ארגנה היה הפלגת האניה "הילדה", שגם סיפורה היה יוצא דופן. האניה, שהפליגה בדצמבר 1939 מרומניה כשעל סיפונה פליטים מגרמניה, מדנציג, מצ'כיה ומאוסטריה, חיכתה במשך חודש לקבוצת פליטים נוספת שבוששה לבוא, ובסופו של דבר לא הגיעה. המתנה שיבשה את ההפלגה כולה. קיפאון מימי הים השחור במהלך המסע גרם לאניה להיתקע סמוך לעיירה בלצ'יק שבדרום – מזרח בולגריה. התנאים באניה התדרדרו במהירות, וכמעט שפרצה התקוממות בקרב הנוסעים, וגם תושבי העיירה החלו להביע התנגדות לפליטים, שהופיעו בעיירתם לפתע פתאום. קליגר הצליחה לנהל את המשבר, לפייס את נכבדי העיירה, למצוא אספקה לפליטים ואף לארגן להם רחצה בחמאם הנטוש שבארמון המלכה מריה. האניה הגיעה לבסוף לחופי ארץ ישראל ב-23 בינואר 1940 כשעל סיפונה 728 פליטים. הפרשה הונצחה בספר שכתבה קליגר - עליאב עם הסופרת האמריקאית פגי מן, שיצא לאור ב- 1978 - "האניה הסודית". (נוסף על ספר זה כתבה גם את "המפלט האחרון", גם הוא יחד עם פגי מן, שיצא לאור ב- 1976).
עטיפת הספר "האניה הסודית" (A454\112). "סיפורה האמיתי של אישה יפה שהצילה אלפים מבני עמה מן השואה הנאצית".
עם עליית המשטר הלאומי-לגיונרי ברומניה, בן בריתה של גרמניה הנאצית, נאלצה קליגר-עליאב להימלט בחזרה לארץ ישראל. ב- 1943 היא נשלחה למצרים כנציגת המוסד לעלייה ב'. תחת מעטה של גיוס תרומות למען הבריגדה היהודית היא אספה מידע מודיעיני וחיפשה דרכים להציל את יהודי ארצות ערב ומקורות אספקת נשק עבור ההגנה. בתקופה שלאחר מלחמת העולם השנייה לקחה חלק בפעולות ההצלה באירופה והייתה אחראית לקניית האניה "אסקניה", שהביאה 2,000 פליטים מאירופה לישראל.
לאחר פועלה במוסד ב' הפכה קליגר, כמו רבים מחברי הארגון, לחלק מהנהלת "צים". היא ארגנה את המשרד בירושלים, ולאחר מכן פעלה מטעמו באמריקה הלטינית ומונתה להיות האחראית על יחסי הציבור של הארגון. קליגר - עליאב נפטרה ב-1980.
עיתוני העולם השתאו מן "האישה שלוקחת חלק בניהול חברת ספנות", כלשון הכותרת בראש כתבה שעסקה בקליגר כחברת הנהלת צים (A454\51)