בשנת 1894 מלאו 70 שנים לרב שמואל מוהליבר [1824-1898], ממנהיגי תנועת "חיבת ציון", ששימש בעת ההיא כרב הקהילה בביאליסטוק. הוא סירב לקבל מתנות ליום הולדתו, ומקום זאת ביקש שהכספים ייתרמו לטובת היישוב בארץ, ויוקדשו לנטיעת גן אתרוגים בארץ ישראל. בכספים שנאספו ביחד עם תרומות נוספות נרכשו כ 75 דונם, וב 1896 ניטע הפרדס, שנקרא על שם הרב "גן שמואל". הקמת פרדסי אתרוגים בארץ ישראל נועדה להבטיח לתורמים אתרוגים "משלהם" מן הארץ, כמו גם להבטיח עבודה לפועלים העבריים, ולהעמיק את תחושת אחדות והשותפות בין בני הארץ לבני הגולה. משלוח האתרוגים הראשון מן הפרדס לגולה נשלח לקראת חג הסוכות תר"ס (1899).
את תעודת הכשרות משנת 1901 לאתרוגים של גן שמואל העניק רבה של יפו, נפתלי הירץ הלוי, והיא צורפה לאתרוגים שנשלחו לתורמים מחובבי ציון באירופה.
הצורך בתעודת הכשר לאתרוגים התעורר במחצית השנייה של המאה ה-19, שאז החל ויכוח על טיב האתרוגים אשר גודלו בקורפו, יוון. כיוון שמרביתם גודלו על עצים שעברו הרכבה רוב הפוסקים קבעו כי פירותיהם לא מוציאים ידי חובה את המשתמשים בהם בחג הסוכות. על כן, רבים הקפידו לברך רק על אתרוגים מפרדסים שיוחסו להם ותק ומסורת של כשרות קדומה, ללא חשש שגודלו על עצים מורכבים.
בארץ ישראל, מרבית פרדסי האתרוגים לא היו בבעלות יהודים והפרי צמח על עצים שעברו הרכבה, בשיטות שהפלחים הערבים למדו מן הגננים הגרמניים. יחד עם זה למספר פרדסים יוחס ותק של כשרות קדומה. עם תחילת הפולמוס הנזכר בספרות ההלכתית, לא הוזכרו אתרוגי ארץ ישראל, אולם ברבות השנים עם שיפור דרכי התחבורה בין הארץ והגולה, אתרוגי ארץ ישראל החלו להגיע גם לקהילות אירופה, וכך הוצעה חלופה לאתרוגי קורפו באתרוגים בעלי מסורת כשרות קדומה כמו גם תרומה לחיזוק ישוב ארץ ישראל.
תעודת הכשר לאתרוגי "גן שמואל" (A25\112)
"סיסמת" אתרוגי ארץ ישראל: "ולקחתם לכם – משלכם – פרי עץ הדר הנטועים על ידי ישראל". הכלולה בתעודה נשענת על הפסוק "ולקחתם לכם ... פרי עץ הדר" (ויקרא כ"ג, ל"ט), אותו דרשו חז"ל: "ולקחתם לכם - משלכם" (בבלי, סוכה, מא ע"ב). מאמר תלמודי זה חיזק את מעמדם של אתרוגי ארץ ישראל הן בקרב פוסקי ההלכה והן בקרב בעלי הפרדסים הארצישראליים.
נטיעת פרדס האתרוגים "גן שמואל" (PHG\1023290)
העדפת אתרוגי ארץ ישראל חלחלה גם לאליטות הרבניות, שהנחו את תלמידיהם לנהוג כמותם וגם לקהילות השונות. במשך עשרות בשנים היוו משלוחי האתרוגים מארץ ישראל לגולה אמצעי קשר רוחני בין ארץ ישראל ויהודי הגולה. גם אם לא היו מהודרים בחיצוניותם נתפסו אתרוגי א"י כמהודרים מבחינת ערכם "הפנימי".
עם זאת, הפרדס בגן שמואל לא זכה לתנובה נאה ואחזקתו עברה בין חברות שונות. עציו חלו ורבים מפירותיו היו פסולים. עם הזמן ניטעו במקום האתרוגים עצי תפוזים ובסמוך הוקם קיבוץ השומר הצעיר גן שמואל הקרוי על שם הגן.
פרדס האתרוגים "גן שמואל" (PHG\1023489)