הארכיון הציוני המרכזי מהווה ארכיון רשמי של מוסדות התנועה הציונית: ההסתדרות הציונית העולמית, הסוכנות היהודית, קרן קימת לישראל, קרן היסוד והקונגרס היהודי העולמי. הארכיונים של מוסדות המשנה הרבים שנוצרו על ידי או בצד גופים אלה שמורים אף הם בארכיון הציוני, כמו: המשרד הארץ ישראלי ביפו, ועד הצירים, בנק אפ"ק, בית הספר לאמנות "בצלאל", ומוסד ביאליק.
בנוסף, שמורים בארכיון הציוני תיקי ארכיונים של מוסדות היישוב היהודי החדש בארץ ישראל: ארכיון הוועד הלאומי, ארכיון פיק"א, ארכיון הסתדרות מדיצינית "הדסה" ועוד, וכן שרידי ארכיונים של אגודות חובבי ציון ושל הפדרציות הציוניות הארציות מכל רחבי העולם.
האוספים החשובים וההיסטוריים הללו שמורים במחסנים תת-קרקעיים בבניין בן ששת הקומות של הארכיון הציוני בירושלים.
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
אופן הרישום של האוספים והחטיבות השונות
א. שפת הרישום של התיקים:
תיאורי רוב התיקים בחטיבות השונות הם בעברית. אולם, אם רוב המסמכים המקוריים שבתיקי החטיבה הם באנגלית, תיאורי התיקים נרשמו באנגלית. רוב תיאורי התיקים (כ-80%) רשומים בעברית.