ספריית הארכיון הציוני מכילה למעלה מ- 140,000 ספרים ופרסומים בשפות שונות העוסקים בתולדות הציונות והתנועה הציונית מראשיתה ובתולדות היישוב וארץ ישראל בעת החדשה בתחומי החברה, הכלכלה, החינוך והתרבות, הדת, המינהל ועוד.
הספרייה כוללת גם ספרות ארכיונית מורחבת המכילה, בין היתר, ספרות מקצועית, מדריכים לספריות וארכיונים, עלונים ופרסומים של האיגוד הישראלי לארכיונאות ועוד. כמו כן נמצא בספרייה אוסף גדול של פרסומי המוסדות הלאומיים על שלוחותיהם השונות.
ראויים לציון אוספים ייחודיים הנמצאים בספריית הארכיון:
· אוסף נחום סוקולוב – כ-2,500 ספרים שנמנו על ספרייתו הפרטית של המנהיג הציוני, העיתונאי והסופר נחום סוקולוב. בין הספרים ניתן למצוא ספרות דתית ופילולוגית, פרסומי הגות ומחשבה וספרות ציונית ענפה רב לשונית.
· ספריית מכס בודנהיימר – כ-1,700 ספרים וחיבורים (רובם בגרמנית) העוסקים בתולדות אישים ציונים ובתולדות התנועה הציונית בגרמניה ובמקומות אחרים, שהיו ברשותו של המנהיג הציוני הגרמני, מכס בודנהיימר.
· ספריית המכון לחקר ההתיישבות ע"ש יוסף ויץ – למעלה מ-3,000 כ- 2,000 ספרים ומאמרים העוסקים בחקר ההתיישבות בעיקר משנות ה-60 ועד היום. ספרייה זו כוללת, בין השאר, פרסומים ומחקרים אודות יישובים בחבלי הארץ השונים בתחומי ההיסטוריה, הגאוגרפיה, הסטטיסטיקה, הכלכלה, החברה ועוד.
· אוסף אנסון – 160 ספרים מאוספו הייחודי של מנפרד אנסון, מי שהיה אספן פריטים מוזיאליים וספרים הקשורים לדמותו של הרצל.
לספריית הארכיון נמסרים מידי שנה עשרות תזות ודיסרטציות של חוקרים המבססים את מחקריהם על חומרים ארכיוניים השמורים בארכיון הציוני.
ספריית הארכיון הינה ספריית עיון בלבד, הספרים אינם להשאלה.
שפת הקיטלוג: כותרי הספרים נרשמו בהתאם לשפת המקור של הספר.