במהלך כל השנים דאג הארכיון להשלים את אוספיו על ידי העתקה (צילום במיקרופילם) של חומר ארכיוני השמור במקור במוסדות ארכיוניים אחרים בארץ וברחבי העולם.
מהותו של החומר מבטא את הפעילות הציונית של ארגונים ומוסדות ושל אישים בארץ ובעולם. מוצאו של החומר שצולם במיקרופילם מן הארצות הבאות: אוקראינה, רוסיה, ארצות הברית, אוסטריה, בריטניה, הולנד, הונגריה, ישראל, צ'כיה, צרפת וקנדה.
כ- 750 סרטי מיקרופילם שמורים כיום בארכיון הציוני. ראוי לציין, בין היתר, את החומר הרב שהועתק מה "אוסובי ארכיב" (הארכיון "המיוחד") במוסקבה הכולל תיעוד על ארגונים ציוניים ויהודיים בברלין, בווינה ובפאריס מן העשור הראשון של המאה ה-20 עד שנות ה-40.
כמו כן נמצאים בין סרטי המיקרופילם, ספרי פרוטוקולים שונים, כגון: פרוטוקולים של הדסה והדסה הצעירה מן השנים 1914-1973 (מארכיון הדסה בארצות הברית); פרוטוקולים של ישיבות תנועת "הבונים" בצפון אמריקה (מארכיון ;(YIVO ארכיונים אישיים, כגון: ארכיון סטיפן וייז (מארכיון ה- (American Jewish Historical Society, Waltham; תעודות נבחרות מתוך תיקי משרד החוץ הבריטי בעניין עליית יהודים לארץ ישראל מסוף המאה ה-19 ותעודות מתוך תיקי משרד המלחמה הבריטי מתקופת מלחמת העולם הראשונה (מהארכיון הלאומי הבריטי).
שפת הרישום: תיאורי סרטי המיקרופילם מופיעים חלקם בעברית וחלקם באנגלית בהתאם לשפת המקור של המסמכים שצולמו במיקרופילם.
מבנה אוספי המיקרופילם
אוספי המיקרופילם מתחלקים ל- 2 סוגים ומסומלים בהתאם.
- CM- סרטי מיקרופילם של חומרים ארכיוניים השמורים במקור במוסדות ארכיוניים אחרים בארץ ובעולם.
- AM- סרטי מיקרופילם המהווים גיבוי לחומרים ארכיוניים השמורים במקור בארכיון הציוני.
כל פריט ייחודי בנושא מסוים המשתייך לאחת משתי הקטגוריות סומל בהתאם, לדוגמא:
- CM\20 – אוסטריה. תכניתו של פאול פרידמן בדבר התיישבות יהודים במידן, 1891-1892.
- CM\367- פרוטוקולים של גופים שונים של הדסה והדסה הצעירה, 1914-1973.
- AM\1014\1-4- קרן קיימת לישראל, רכוש נעדרים, תש"ו- תש"ט