שנתיים לאחר הקמת המחלקה הימית הוחלט על הקמת בית ספר של ממש. ב- 1938 הוקם "בית הספר הימי על יד הטכניון העברי בחיפה". הוא נוהל על ידי המחלקה הימית של הסוכנות היהודית בשיתוף הטכניון והחבל הימי לישראל. תכנית הלימוד בבית הספר הותאמה לדרישות משרד הסחר הבריטי, וכללה ארבע מגמות: שיט, מכונאות ימית, הפעלת רדיו ובניית סירות. במוסד, כיאה לבית ספר שרבים ממוריו נמנו על הקצונה הימית הבריטית, הונהגה משמעת צבאית: התלמידים לבשו מדים, עמדו למסדר צבאי ונכחו בטקס הנפת הדגל מדי בוקר. על אף גינונים צבאיים אלו החזות הצבאית הייתה, באופן רשמי, למראית עין בלבד. הבריטים נמנעו, כמובן, מהכשרה ימית צבאית של התלמידים היהודים. עם זאת, מתחת לפני השטח התפתחה גם ראשית התורה הצבאית הימית של היישוב: בסוף שנות הארבעים, הונהגו בין כתלי בית הספר קורסים חשאיים, שבהם הוכשרו כ- 100 ימאים משורות הפלי"ם לצורך פיקוד על ספינות מעפילים.
ב- 1952 הוחלט להעביר את בית הספר לחסות משרד החינוך וצה"ל (וכן למשרד התחבורה). כך הפך המוסד באופן רשמי לבית ספר צבאי. באותו זמן אושר מסלול לימודים בן חמש שנים, שבו יעברו חניכיו, בין השאר, גם הכשרה ימית צבאית, וכן הוחלט כי כל חניכיו יעברו קורס קצינים בסיסי. שמו שונה ל"כ"ג יורדי הסירה, בית הספר לקציני ים עכו" לזכר 23 חברי פלי"ם שאבדו בלב ים בדרכם לבצע פעולה בלבנון. עקב התרחבות המוסד עבר בית הספר ב- 1951 למתחם חדש בעכו, שכלל מלבד בית הספר גם פנימייה ומעגן ספינות אימונים. מתקופה זו ואילך מיצב עצמו בית הספר כמוסד יוקרתי ואליטיסטי בעל דרישה בלתי מתפשרת למצוינות בתחום המקצועי והעיוני. אחוז גבוה מבוגריו השתלב בשורות הקצונה הבכירה בצי הסוחר ובחיל הים.
בזמן הקרוב תחל משימת קטלוג ארכיונו של בית הספר בארכיון הציוני המרכזי. הארכיון מהווה תיעוד מרתק של ראשית פועלו של המוסד. הוא כולל תצלומים, התכתבויות מקצועיות, פרוטוקולים של ישיבות סגל המוסד, תזכירים, דוחות ועוד. בתום הרישום יפתח החומר לעיון הציבור. אנו בטוחים כי הוא יתרום רבות לחקר ראשית הימאות בארץ ישראל.
\