כ"ט בנובמבר 1947 ידוע כיום, שבו החליט האו"ם לסיים את המנדט הבריטי בארץ ישראל ולאשר את תכנית החלוקה. (עוד על כ"ט בנובמבר ועל סיום המנדט הבריטי). בצירוף מקרים נדיר, בדיוק באותו יום ראה פרופסור אלעזר סוקניק חלק ממגילה עתיקה, שנמצאה על ידי רועים בדואים, והחליט לרכוש אותה. כך נחשפה אחת מהתגליות הארכיאולוגיות הגדולות של המאה ה- 20.
הסיפור שעומד מאחורי גילוי מגילות קומראן, נשמע כאילו נלקח מסרט הוליוודי. רועים בדואים מצאו בתוך מערה באזור ים המלח כד עם מגילות עתיקות. הם ניסו למכור אותן לאנשים שונים וביניהם סוחר עתיקות, שהראה אותן לפרופסור סוקניק, ראש המחלקה הארכיאולוגית באוניברסיטה העברית. פרופסור סוקניק עמד על טיבן של המגילות והבין את חשיבות הממצא שהתגלגל לידיו. בטרם החלה מלחמת השחרור הוא הצליח לרכוש מהבדואים שלוש מגילות. מגילות נוספות נמכרו לגורמים שונים, ואת חלקן הצליחה מדינת ישראל לרכוש לאחר המלחמה.
הימים שלאחר ההצבעה על תכנית החלוקה, היו מתוחים מאוד. פרופסור סוקניק קבע פגישה עם הרועים הבדואים בבית לחם כדי לקנות את המגילות. בנו של פרופסור סוקניק, יגאל ידין, תיאר בהרצאה את החששות של אביו מהפגישה. באותו זמן היה יגאל ידין קצין ב"הגנה", ואביו בא להתייעץ אִתו האם המצב יהיה בטוח מספיק כדי ללכת לפגישה המתוכננת. יגאל ידין ענה לו, שכאיש צבא הוא לא היה ממליץ לו ללכת לבית לחם, מכיוון שמסוכן שם, אך כארכיאולוג, שמבין את חשיבותו של הממצא, הוא חייב ללכת.
גם לאחר רכישת המגילות לא הסתיימו הקשיים. ירושלים הייתה במצור בשנת תש"ח, ופרופסור סוקניק כתב ביומנו על התנאים הקשים בהם עבד בכדי לתרגם את המגילות.
בעקבות גילוי המגילות במערה בקומראן החלו הבדואים, שהתגוררו באזור, לחפש מגילות נוספות במטרה למכור אותן. ממצאים נוספים שהתגלו, הובילו לכך שקבוצות ארכיאולוגים מהארץ ומהעולם החלו לערוך חיפושים באזור מדבר יהודה. בשנים 1956-1947 נמצאו מגילות נוספות בתוך 11 מערות נסתרות סמוך לשרידי היישוב קומראן. המגילות תוארכו למאה הראשונה ולמאה השנייה לפנה"ס. הן בין המקורות הבודדים שנמצאו מתקופה זו, ומכאן חשיבותן הרבה. בשל האקלים היבש, השורר בים המלח, נשמרו המגילות כמעט בשלמותן. שבע המגילות הראשונות שהתגלו מוצגות בהיכל הספר שבמוזיאון ישראל.